A podridão das raízes, causada pelo patógeno transmitido pelo solo Plasmodiophora brassicae, é uma doença importante da canola (Brassica napus) e de outras crucíferas. A aplicação recente das tecnologias de sequenciamento de RNA (RNA-seq) para estudar as interações entre P. brassicae e o hospedeiro gerou grandes quantidades de dados de expressão gênica, aprimorando o conhecimento sobre os mecanismos moleculares da patogênese e da resistência do hospedeiro. A análise de PCR quantitativo (qPCR) também tem sido amplamente utilizada para examinar a expressão de um número limitado de genes e validar os resultados de estudos de RNA-seq, mas pode não ser ideal para analisar um conjunto maior de genes-alvo ou um aumento no número de amostras. Além disso, a necessidade de etapas intermediárias, como a síntese de cDNA, pode introduzir variabilidade que pode afetar a precisão dos dados gerados pelo qPCR. Neste estudo, cientistas validaram dados de expressão gênica de um estudo anterior de RNA-seq sobre a podridão das raízes utilizando o Sistema NanoString (Bruker) nCounter, que realiza a quantificação eficiente da expressão gênica de maneira rápida e simples. Primeiro, foi confirmada a robustez do sistema nCounter comparando os resultados com os obtidos por qPCR e RNA-seq. Os resultados mostram que a expressão dos genes medida pelo nCounter tem uma alta correlação com os valores obtidos pelas outras duas tecnologias, apresentando os mesmos padrões de expressão para a maioria dos genes. Conclui-se que o Sistema nCounter é uma tecnologia robusta, sensível, altamente reprodutível e simples para análise de expressão gênica.